Fauna i flora panująca na wyspach jest równie wspaniała jak tutejsza historia i kultura. Szczególne położenie geograficzne wysp pomiędzy wchodem a zachodem, Europą, a Saharą oraz bujna, dzika przyroda decydują o atrakcyjności tego miejsca. Żyje tu około 1500 gatunków roślin, w tym 130 gatunków związanych ściśle z Kretą. Wiosną jest to jedne z najpiękniejszych miejsc na ziemi.
Tutejsze góry i wąwozy stanowią istną fortecę dla dzikiej przyrody. Szczyty Gór Wapiennych już późną wiosną są pokryte śniegiem. Mieszanka śniegu z gorącym, promiennym słońcem i rosnącym wokół różnobarwnymi kwieciem zachęca do spacerów. Warto również odwiedzić najgłębszy wąwóz w Europie – Samaria. Każdej wspinaczce towarzyszą rozmaite wrażenia akustyczne – szum morza, melodyjne dźwięki wydawane przez dzwonki wypasanych, kozich stad oraz śpiew ptaków. Wędrówka pośród tutejszych klifów może się okazać niezapomnianym wrażeniem. Zarazem można tu znaleźć doskonały punkt obserwacyjny do podpatrywania tutejszego ptactwa.
Na wyspach żyje wiele rozmaitych gatunków ptaków. Na Krecie znajduje się duża populacja sępów greckich, wśród których żyje rzadko występujący Sęp Lamergeir, którego można czasem zobaczyć jak krąży samotnie wokół, trudno dostępnych szczytów. W tutejszych górach znajdują się lęgowiska orłów, z takich gatunków jak Bonelli, Booted i Golden. Na wyspach znajduje się również punkt postojowy ptaków udających się do Afryki, a do tych, które można tu znaleźć – należą – białe bociany, czaple squacco, gajówki Ruppell, sokoły czerwono pazurzaste, żołny, małe bąki, jaskółki.
Bardzo, różnorodne ptasie śpiewy potrafią umilić każdą przechadzkę, a latem dodatkowo w tę leśną muzykę włączają się cykady i brzęczenia owadów. O tej porze roku jest także duża szansa na spotkanie rozmaitych gatunków żyjących tu motyli.
Kreta to jedno z dwóch miejsc w basenie Morza Śródziemnego, gdzie można się natknąć na właściwe dla Bałkanów kameleony, ale również żółwie morskie o prążkowanych szyjach oraz bałkańskie jaszczurki. Inne spotykane na Krecie zwierzęta to koziorożec alpejski, kriki, borsuki, łasice oraz wiele gatunków węży. Zwierzęta te unikają zabudowań, ale można je łatwo zobaczyć podczas spaceru po okolicy.
Na wyspach noce są bardzo jasne, a widoczność jest niewiele mniejsza niż o zmierzchu. O każdej porze dnia i nocy wyspy oferują wiele atrakcji.